buenas tardes don jose.
Php es de codigo abierto, cualquiera puede ver el codigo, pero hay 2 formas de protegerlo
usa el Bcompiler, no se si funcione para la version 7 de php, pero revisalo en php.net, y si mal no me acuerdo no funciona si la pc esta usando windows, alquien que sepa mas por favor aclare este punto.
La idea basica del software libre es que el usuario que te pague por un desarrollo tiene el derecho de ver como hiciste el programa, el usuario puede mejorarlo, hacerle cambios y redistribuirlo si asi lo quiere, asi que en esto del software libre no hay exclusividad.
PERO, lo que si se puede hacer es tener el codigo en un servidor que sea de tu propiedad y cobrar por que usen tu programa (libre no significa gratis)
asi que tiene esas opciones:
1 aceptar que php es libre y compartir tu codigo (que es la filosofia de Linux y php)
2 compilar el codigo con bcompiler (y a aver si te aceptan el codigo)
3 quedarte con tu codigo y rentar el programa, que al final es lo que muchos hacen.
o ya de plano usar windows con iis .net y mssql, solo asegurate de pagar las licencia$$$$$ y las actualizaciones anuales, el antivius, estoy seguro de que te sentiras muy satisfecho por contribuir incrementando los millonsitos del pobresito desamparado del Billy Portales y aun con las licencias te roban el sitio web.
lo que si no te recomiendo es que entres a las paginas web que te ayudan a compilar el codigo php, en ninguna parte dice que aceptan que el codigo es de tu propiedad, asi que si les mandas el archivo php para que lo compilen nada evita que se queden con una copia (capichi?).
suerte!
salu2