Hola, con la BD no he trabajado pero te dire q en la BD mysql se guardan los usuarios claves y permisos q tienes para mysql, cuando conectas al server pones un login y una clave, por defecto "root" y "" (aunq no es lo mas recomendable) verdad?
bueno esos datos se guardan en la bd mysql y al borrarla sencillamente malogras tu server, quizá hayan otra soluciones pero copia tu bd q en realidad es una carpeta y reinstala tu mysql para volver a copiar tu bd.
suerte y saludos