PHP - Lentitud PHP/MySQL

Hola a todos, y espero que me ayuden.

Tengo un servidor:
- Redhat Linux 9.0
- Apache/1.3.33 (Unix) PHP/4.3.11
- Mysql 4.1.22
con el phpMyAdmin 2.6.2 administro la BD.

El problema que tengo es que de un día para otro el acceso a la BD se puso lenta, y llega a tal punto que el servidor se pega.
Un día me di cuenta que uno de los desarrolladores en php, utilizo una consulta en MySQL muy grande, el cual se quedaba pegada la página de prueba, y al reiniciar el

sistema todo quedo normal. Pero esto sucedio hace mucho tiempo y con suerte lo encontre, y ahora no se como identificar la lentitud de las consultas. por ej., hago una

consulta en un página php a una tabla de 14 registros, y se demora una eternidad. Otro ej., cuando entro al phpMyAdmin tambien se demora.
Mi pregunta es la siguiente: ¿hay algún ".log" u otra manera de saber las consultas que se ejecutan en el Apache?, como por ej., en otra maquina tengo como Servidor de

Aplicaciones Apache Tomcat/5.0.27, y en este veo todas las consultas que atraviesan por este.

esperando haber sido claro, agradece, Kamilon