No estoy seguro si esto te valdra, si el problema es que cuando desde el navegador pones el directorio te sale el explorador, la forma facil de evitarlo es poniendo en el directorio una pagina html con el mismo nombre que la pagina principal (dentro de esta podrias llamar a la principal)
Haber si me puedo explicar, supongamos que la pagina principal es
http://lamia.com/usuario1/index.html
y tengo 1 directorio
http://lamia.com/usuario1/dir1/
pues dentro de este pongo una pagina con el nombre index.html.
http://lamia.com/usuario1/dir1/index.html
Un ejemplo de esta pagina:
<html>
<head>
<meta http-equiv="Refresh" content="1; url=http://http://lamia.com/usuario1/index.html">
</head>
</html>
Lo unico que contiene es una llamada a la pagina principal.
Nota: la pagina principal es la pagina que sale en el navegador cuando pongo http://lamia.com/usuario1/