hola.
quizas ya lo resolviste, pero porque no intentas un elif?
print "Hallar el numero mayor"
#print
print "Dame un numero"
a=input()
print "Dame un numero 2"
b=input()
print "Dame un numero 3"
c=input()
if a>b>c:
print"El numero mayor es:",a
elif b>a>c:
print"El numero mayor es:",b
else: # c>a>b
print"El numero mayor es:",c
asi como esta aqui si me funciona.
suerte
saludos