Python - ARGV

def fasta2sec (fastafile) :

  """ Lee un fichero FASTA y

  devuelve la secuencia que contiene """

  F = open (fastafile)

  secuencia = ""

  for linea in F :

    linea = linea.strip("\n")

    if len(linea) != 0 and linea[0] != '>':

      secuencia = secuencia + linea

  return secuencia

def gc (secuencias) :

  results=[]

  for sec in secuencias:

    pcgc = (sec.count('G') + sec.count('C')) / float(len(sec))*100.

    results.append(pcgc)

  return results

from sys import argv

if len(argv) <= 2 : # nombre + número argumentos

  print "Debe dar 2 o más nombres de ficheros FASTA"

  exit()

# Creación de listas de secuencias

seqs = []

for i in range(1,len(argv)) :

  seqs.append(fasta2sec(argv[i]))

# Obtención de lista de contenido en G+C

pcgc = gc(seqs)

max  = pcgc[0]

for i in range(len(pcgc)) :

  if pcgc[i] >= max :

    max = pcgc[i]

    imax = i

print 'La secuencia %s es la más rica en G+C con un %.2f%%' % (argv[imax+1] , pcgc[imax])