Python - PyVCF

 
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Publicado por Eduardo (25 intervenciones) el 03/04/2019 11:47:42
Hola a todos, he descargado y descomprimido pyvcf en ubuntu y tengo el idle 3 de python, ¿cómo hago para poder escribir import vcf y no salga que no existe ese módulo???
Alguien puede ayudarme por favor, es que soy nulo en linux, tengo instalado un VCF parser en anaconda en windows pero no coinciden los métodos de un ejemplo (con pyvcf en linux) con los de ese módulo compatible con windows (VCFParser). No puedo de ninguna manera instalar pyvcf en windows ni con conda ni pip ni nada, tampoco me deja instalar anaconda en ubuntu no se porque pero si pude instalar el idle 3... pero no sé como añadir el módulo vcf al idle y hacer un import vcf y seguir con el ejemplo.

Muchas gracias de antemano y un saludo
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Publicado por Xavi (46 intervenciones) el 03/04/2019 15:44:28
Hola Eduardo, no especificar que archivo has descargado no como lo has instalado, pero recuerda que hay dos versiones, la versión para 2.x y para la 3.x de Python.

Para ubuntu, es tan sencillo como:
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sudo apt-get install python3-pyvcf
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Publicado por Eduardo (25 intervenciones) el 03/04/2019 17:27:57
Muchas gracias por contestar, intenté ese comando y me sale:

E: Unable to locate package python3-pyvcf

Que no puede localizar ese paquete

Saludos cordiales
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Publicado por Xavi (46 intervenciones) el 03/04/2019 19:29:42
Hola Eduardo, que version de ubuntu estas utilizando?
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Publicado por Eduardo (25 intervenciones) el 03/04/2019 23:09:25
La versión es 12.04 LTS

voy a intentar enfocar el ejemplo de otra forma por si puedo prescindir de por ejemplo .is_snp que creo es un método de pyvcf
ya que me es imposible tratar de entender el programa como está planteado en el ejemplo de un libro. Te dejo una captura de pantalla por si acaso.

Me es imposible descargar PyVCF para windows y me es imposible instalar pyvcf en linux, de tantas vueltas que le he dado aparece en el dash home de ubuntu que tengo python 3.2 pero en la consola aparece 2.7 si tecleo python -V .

Muchas gracias por responder y por tu interés en darme una mano.




S1TR01D
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Publicado por tincopasan (562 intervenciones) el 04/04/2019 03:05:03
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Me es imposible descargar PyVCF para windows
no sé porque, con:
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pip install pyvcf
se instala, en cuanto a linux ya te han dicho, lo que puede pasar es que tengas como predeterminado 2.7 y debas cambiar a 3.x
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Publicado por Eduardo (25 intervenciones) el 04/04/2019 07:50:58
vale gracias, ya lo miraré, saludos cordiales
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Publicado por Xavi (46 intervenciones) el 04/04/2019 10:10:44
Ten en cuenta, que esa version de ubuntu tiene 7 años!!! es muy antigua!!!
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Publicado por Eduardo (25 intervenciones) el 04/04/2019 12:00:11
Ahh buen punto, voy a intentar actualizarlo. saludos
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Publicado por Eduardo (25 intervenciones) el 06/04/2019 19:32:11
Captura-de-pantalla-de-2019-04-06-19_19_58

Hola pues encontré un archivo .deb que sí pude instalar a través de un terminal ubuntu subsistema de windows 10, el problema es que me da un error relacionado con el tkinter al intentar ejecutar algo con matplotlib.

Por lo tanto, ahora estoy intentando instalar ese archivo .deb (que ya sé que es el correcto porque funciona en el subsistema ubuntu de windows 10) en un ordenador que sólo tiene ubuntu, pero como puedes apreciar en la imagen ahora faltan dependencias, llevo semanas intentando hacer el ejercicio que te mostré pero me es imposible, alguien sabe por favor cómo solucionar "dependencias" para ese archivo .deb que tiene el paquete pypvcf?? Me pasaba lo mismo con ubunto 16. xenial o como se llame.
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Publicado por Xavi (46 intervenciones) el 07/04/2019 15:36:00
Hola Eduardo, la verdad es que no se muy bien como lo haces, pero en Ubuntu 18.04 funciona perfectamente, y en debian stable y testing también!!!

install-pyvcf
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Publicado por Eduardo (25 intervenciones) el 07/04/2019 21:11:32
Hola, supongo que es ubuntu 18 y sólo hay para 64 bits ?

Voy a ver dónde lo instalo porque los portátiles son 64 bits pero no puedo meterles la mano para instalarlo y mis ordenadores son de 32 bits.

Saludos
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Publicado por Xavi (46 intervenciones) el 08/04/2019 08:08:38
Puedes virtualizarlo de manera sencilla con VirtualBox!!

https://www.virtualbox.org
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Publicado por Eduardo (25 intervenciones) el 08/04/2019 11:14:23
Si ya...., cuando le doy a ejecutar a la VM en el portátil, éste se reinicia solo, en un ordenador logra arrancar pero al mostrar el escritorio la imagen está como corrupta, difuminada llena de líneas de colores como si fuera un problema de resolución, estuve dándole vueltas también pero no dí con el asunto.

saludos
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