Hola:
lo que buscás es debugear el script, Geany es bastante sencillo en su entorno y no lo hace de forma nativa, pero para hacerlo tenés que instalarle un plugin, hay otros ides mejores, no los menciono todos porque hay cuestión de gustos, te diré solo dos en mi gusto, VScode(gratuito) y Wingide 6(hay versión libre y de pago).Lo que pasa que cada ide tiene la opción o no de poner puntos de interrupción(breakpoints) y de allí ejecutar línea a línea.
Es muy largo de explicar por acá, te recomiendo que cuando hayas elegido tu ide(Geany por ejemplo) en google busques "debug con Geany", allí encontrarás muchos tutoriales, y si entendés inglés, muchos más.
Claro que python ya trae un debug propio, pdb
Saludos
