Python - Añadiendo un if , si es menor o igual que 1000 nos dará 0, espero les sirva

ingreso=float(input("Ingrese el ingreso anual:"))

if ingreso <= 1000:
impuesto = 0
elif ingreso <= 85528:
impuesto = ingreso * .18 - 566.20
else:
impuesto = 14839.20 + (.32*(ingreso - 85528))


impuesto=round(impuesto, 0)
print("El impuesto es: ", impuesto, "pesos")

O sea si es de 1001 por ejemplo dará -386 ¿quiere decir que me queda saldo a favor? deberías revisar esas operaciones.
Además está el tag <\>Código para que se pueda leer mejor el indentado.