Hola,
habitualmente los scripts Python se programan directamente con algún editor de textos, como Vi o Emacs. (o Vim, Xemacs, etc.) Adicionalmente, hay algundos IDE para GNU/Linux que soportan el lenguaje Python, como Anjuta [1], que personalmente creo que es el mejor IDE que existe hoy en día para GNU/Linux.
Si prefieres algo de estilo Qt, kdevelop creo que también tienen soporta Python.
Kate también tiene soporte para Python aunque con éste último estamos más en un Editor de Texto muy avanzado. (de hecho, ninguno de ellos hace más de lo que hace emacs o xemacs, y si no, con cuál de ellos puedes leer y enviar correo electrónico?[2])
Si quieres algo que soporte Python y punto, IDLE de Guido van Rossum es en teoría "el mejor" puesto que está hecho por quien diseño el lenguaje, y también existe PythonG[3] desarrollado por un profesor de la Universitat Jaume I, que extiende a Python con algunas funciones gráficas simples. Éste último está orientado al aprendizaje del lenguaje Python e incorpora un sencillo modo "debug".
Saludos
[1] http://anjuta.sourceforge.net/
[2] http://www.xemacs.org/
[3] http://www3.uji.es/~dllorens/PythonG/