Python - Problema con la captura de excepciones en python..

Muy buenas,

Mi problema es el siguiente; ejecuto un comando python desde Java, y la aplicación Java se queda esperando a que termine el proceso de python.

El programa de python durante su ejecución lanza un thread que tiene un tiempo determinado para realizar su trabajo, y llegado a ese límite, el proceso padre lo corta y termina.

El problema es que si ejecuto el programa desde un shell / ventana Ms-dos, funciona a la perfección; el thread se corta al llegar a X tiempo de ejecución y el programa termina, pero si lo ejecuto desde JAva (exactamente la misma línea de código), el programa no tiene límite de tiempo; el thread no se corta y no termina hasta que le da la gana.

¿Alguien sabe porqué esa diferencia según cómo se llame a python? Al terminar, el thread, da una excepción, que debe de ser donde esté el quiz de la cuestión.

¿Cuál es la mejor/más rápida forma de capturar excepciones aunque no se haga nada realmente con ellas después?

Un saludo,
Alberto.

Por cierto,

El mensaje de la excepción es el siguiente (los números de la lista son el iterador que empleo para que el proceso dure más o menos):

23267
23268
23269
23270
23271
23272
23273
23274
222222222222222222222222222222
Thread no ha terminado a tiempo; se procede a su asesinato
Iniciando kill de KThread
Exception in thread Thread-1 (most likely raised during interpreter shutdown):
Traceback (most recent call last):
File "C:Python25lib hreading.py", line 486, in __bootstrap_inner
File "c:eclipsecodigosKThread.py", line 41, in __run

C:eclipsecodigos>