Redes - servidor de actualización

Hola a tod@s :

Soy informático, y tengo experiencia en desarrollo de redes y aplicaciones, tengo un problemilla y estoy un poco perdido... Tengo una red con equipos especiales, van con dll's modificadas, etc... y diversas actualizaciones de windows, pueden estropearlos según el tipo de equipo que sea. Necesito crear un servidor "propio" de actualizaciones, en la que según el tipo de equipo que sea, actualice solamente parches de windows y otros programas que no afecten al funcionamiento de cada ordenador ( permitidos según el tipo de equipo ). ¿ Me podéis dar una idea general ?

Un saludo,