Redes - Ayuda con Winpopup

Tengo una red de 20 PC's con WNT(servidor) y W98 (estaciones de trabajo),protocols de red TCP/IP y NetBeui, mi problema es que cada vez que envio un mensaje en el winpopup se tarda demasiado, ademas las PCs que no estan en mi mismo grupo de trabajo no las encuentra el winpopup, pero si las veo en el entorno de Red.
Mi pregunta es..
Como le puedo hacer para que no se tarde tanto en enviar un mensaje?
Depende del protocolo de Red que este utilizando?
Para manejar aplicaciones DOS en la red puedo manejar el protocolo TCP/IP