Tomcat - problemas con tomcat

tengo una aplicacion con java, mysql y tomcat es para el control de empleados, pero ya hay empleados capturados en este sistema como le hago para pasar los datos que hay ya a mi aplicacion y esta a su vez si se van insertando mas en otro sistema los exporte a mi aplicacion y si esto se puede hacer cada cierto periodo crear un archivo y que los datos se vayan insertando de manera automatica sin tener que volver a capturar los mismos datos una vez mas.

Espero haberme explicado

Es una aplicacion para la consulta de empleados pero ya existe otro sistema desarrollado en otro lenguaje en donde se captura la misma informacion pero la cosa es que no se tengan que capturar todos los datos por una segunda ocasion si no que el otro sistema generara automaticamente un archivo y que yo lo pudiera jalar para que se insertaran los datos en mi aplicacion, como le puedo hacer