Visual Basic - Timer inactivo

Tengo un formulario principal, que llama a otro (que nunca llega a ser visible, solo contiene controles que se usan desde otros procesos del proyecto), para activar un timer que está en este último.

Cuando se activa el evento Timer, hago Form.Timer.Enabled =False, pues no me interesa que se actuive hasta que se termine el proceso que lanza.
Al finalizar (siempre dentro del Sub Timer) hago Form.Timer.Enabled = True y vuelvo.

Esto funciona desde Win98, pero instalo el EXE en un NT y funciona durante unos minutos, pero después se para indefinidamente y se vuelve a activar, por ejemplo al abrir el explorador o realizar alguna acción que no sabría concretar.

La propiedad Timer.Interval se activa con una variable global que contiene el valor (entre 10 y 30 segundos).

¿Cómo puedo solucionar este problema ?

No entiendo bien como haces al rutina pero pro lo que veo vuelves a activar el timer dentro del sub timer.
El timer lo activas desde una form que tienes visible, ese timer se "apaga" y lanza una rutina. Quien deberia de activar el timer de nuevo es al finalizar la rutina que has lanzado ya que desconozco si tienes algun do events por ahi