Para ello puedes usar la función ShellExecute de las APIs de Windows. En tu formulario declaras esto:
Private Declare Function ShellExecute Lib "shell32.dll" Alias "ShellExecuteA" (ByVal hwnd As Long, ByVal lpOperation As String, _
ByVal lpFile As String, ByVal lpParameters As String, ByVal lpDirectory As String, ByVal nShowCmd As Long) As Long
y en donde necesites ejecutar el archivo:
' En la variable stArchivo guardas el nombre del archivo .REG que quieres ejecutar
stArchivo = "C:\Archivo.reg"
Call ShellExecute(Me.hWnd, vbNullString, stArchivo, vbNullString, App.Path, 3)
