DEjame adivinar, tienes bastante formularios, y cuando paras la aplicacion te los carga uno a uno. Cuando tu arrancas el .exe, VB cierra todas las ventanas a nivel de diseño, y deja nada mas abierta las ventanas a nivel de codigo, por que? nose pero su justificacion tendra, cuando tu cierras la aplicacion , VB vuelve abrir cada ventana que cerro, dejandote el VB las ventanas que tenias antes de ejecutar, si tienes muchas se hace un fastidio. QUE TE RECOMIENDO, cierra todas las ventanas de diseño, y abrelas cuando trabajes con el formulario, y cuando termines de trabajar con el formulario cierras de nuevo la ventana de diseño, y con eso te evitas ese EFECTO, ya que las ventanas de codigo el las mantiene activas.