Aunque teoricamente pueden convivir en la misma particion (yo instale win2000 encima de win98 y podia seleccionar uno u otro en el arranque... despues de tres inicios se me jodio el 2000 :P), lo mejor es hacer una particion con el partition magic y luego instalar win98, o bien en un segundo disco duro. Asegurate de tener un disco de inicio de win2000 y uno de administracion por si en la instalacion se sobreescribe algun fichero comun de ambos sistemas (no deberia pasar porque estas usando particiones distintas, pero tal vez el command.com o alguno de sistema se instale en c:). Suerte