bueno.... lo que pasa es que en el startup de windows.. (MENU INICIO... PROGRAMAS.... INICIO....) tienes un acceso directo a un archivo de msdos... llamado wininit.exe.. que solo se ejecuta desde msdos
bueno... lo que hacemos es que lo quitamos de INICIO.. y ya no te sale al inicio.....
te voy a enseñar como ejecutas desde windows:
Cómo ejecutar programas de MS-DOS en Windows 98
Antes de que cualquier programa diseñado para MS-DOS desaparezca de los discos duros, veamos la mejor forma de ejecutarlo bajo Windows 98. Lo primero es realizar un acceso directo al programa, para luego examinar sus propiedades. En la solapa Programa hay que pulsar sobre el botón Avanzado en el que se selecciona la opción Modo MS-DOS para que el programa obvie Windows y se adueñe de todos los recursos del sistema. Se puede marcar la casilla Avisar antes de entrar en modo MS-DOS, para que el sistema avise de que se cerrarán todos los programas antes de ejecutar el programa en modo MS-DOS. También se puede elegir si el usuario desea utilizar la configuración de los archivos Autoexec.bat y Config.sys: Usar configuración de MS-DOS actual; o si se quiere escribir líneas de comandos personales: Especificar nueva configuración de MS-DOS.
Si pulsamos el botón Configuración entraremos a un nuevo cuadro de diálogo, en el que podremos seleccionar nuevas opciones (memoria expandida, caché de disco, etc.) para la ejecución del programa, sin necesidad de editar ninguna línea de archivo de sistema.