Hola, antes de instalar el Xp, espero que tu maquina cumpla con los requerimientos minimos, en primera, ahora contestando con tu pregunta...
Si lo haces insertando el disco en win98:
cuando insertas el disco de xp, en el 98 y le das en la opción de Instalar, podes elejir entre dos opciones, una de ellas es Actualizar y la otra es Instalación Nueva, ahora bien, si lo que queres es Instalar el Xp, y no queres guardar ningun archivo u programa, entonces dale en Instalación Nueva, de lo contrario, es decir, si queres conservar tus programas, y/o archivos dale en la opción de Actualizar, y listo.
Si lo haces booteando desde el Disco:
Entonces aca, podes elejir tambien varias opciones, como te dije anteriormente , si lo que queres es instalar xp, y no salvar nada, pues aca le podes dar que formatee, ahora bien, si solo queres salvar tus archivos, aca le das que instale, pero dejando el sistema de archivos actual sin cambios, aunque todo lo que este en Carpetas como Windows, y Archivos de Programa, obviamente se perderan (no conservaras tus programas ya instalados).
espero que te haya servido este pequeño resumen, y que haya sido lo suficientemente claro.
Saludos cordiales.
esvom.