Tanta como que son de dos sistemas operativos distintos.
Es como preguntar qué diferencia hay entre un Mirage y un Boeing 747, ambos son aviones pero son muy diferentes.
Técnicamente hablando uno, Windows, es monolitico, Linux es modular, ambos son multitarea pero Linux es multiusuario, Windows monousuario. Windows trabaja con el modelo de mensajes, Linux con tuberías o pipes. Windows usa time-sharing para la multitarea, Linux el Round-Robin.
