ok, La tarea resulta facil, pero tardada y hostigante.
Resulta que el ScanDisk permite rastrear los archivos con vínculos rotos (que solamente estan ocupando espacio sin ser utilizados) entonces el scandisk los puede eliminar, ahora tambien puedes activar la verificación de nombres de archivos repetidos, pero esto a expensas que la exploración con Scandisk se tardará mucho más de lo usual.
Lo que te recomiendo es dejar el scandisk toda la noche, y al día siguiente lo apagas.
Bien, esa opción la encontrarás ejecutando Inicio->Programas->Accesorios->Herramientas del Sistema y Scandisk entonces en la parte inferior aparecerán los botones de Aceptar Cancelar y uno también que dice "Avanzado..." Lo ejecutas y te pedirá parámetros de búsqueda, localizas el GroupBox donde diga "Comprobar archivos buscando" y ahi activaras si deseas la busqueda de nombres duplicados.
Bien. Espero haberte podido ayudar, de lo contrario, deje mi mail. o por aquí escribeme.
Atte: XcUiDi