Si sale desactivada lo mas reguro es que estas abriendo una MDB con una version diferente a la que estas usando, es decir, convierte tu MDB a la version que estas utilizando ahorita.. Veras asi que la opción de crear a MDE la tendras activa.
Access como tal no se convierte en ejecutable como los programas realizados en Visual Basic.... Lo que tiene access en un Runtime que esta en los paquetes de Office Developed Edition. Este paquete lo que hace es convertir el programa en access ya sea MDB o MDE en un instalador, es decir, hace una instalación de access mas liviana que cuando haces la instalación del Access. Otra ventaja es que no necesitas tener instalado el Office en la maquina para poder correr tu aplicación... Solo existe un Runtime que hace una instalación liviana de access para que puedas correr tu programa de access.