Algoritmia - Bioinformatica

Hola soy un estudiante de Bolivia q esta desarrollando su tesis de Ingenieria de Sistemas en el campo de la bioinformática, pero actualmente estoy afrontando algunos problemas.

Hasta ahora he encontrado un proceso de filtrado de espectos y eso ya lo tengo implementado se llama "filtrado de convolucion", se usa en tratamiento de imagenes pero entontré su aplicacion a los espectros de masas y nesesito algún algoritmo de comparación de espectros; o un paper que explique con fórmulas con que algoritmo puedo comparar espectros de masas para la identificación de proteinas.

Espero que me puedan ayudar con esto, e buscado, pedido ayuda y me encuentro estancado, asi q agradeceria cualquier información al respecto.

Marco Antonio

Marco, entiendo que estás buscando algoritmos o papers relacionados con la comparación de espectros de masas en el contexto de la identificación de proteínas. A continuación, te proporcionaré información sobre algunos algoritmos comunes y te sugeriré algunos términos que podrían ser útiles para tu búsqueda:

1. Cosine similarity:
- La similitud del coseno es un método común para comparar vectores, y se puede aplicar a perfiles de espectros de masas. Mide el coseno del ángulo entre dos vectores y puede proporcionar una medida de similitud entre espectros.

2. [i]Correlation-based methods[/i]:
- Algoritmos basados en la correlación pueden ser útiles. Pearson y Spearman son dos coeficientes de correlación ampliamente utilizados que podrían aplicarse a perfiles de espectros.

3. Dynamic Time Warping (DTW):
- DTW es un algoritmo que compara dos secuencias de datos, teniendo en cuenta la posibilidad de alineación no lineal entre ellas. Se ha utilizado en la comparación de espectros de masas.

4. MS/MS spectrum matching:
- En el campo de la espectrometría de masas, la búsqueda de coincidencias de patrones MS/MS puede ser fundamental. Herramientas como SEQUEST, Mascot, X! Tandem y Comet son populares para este propósito.

5. Molecular networking:
- Algoritmos de redes moleculares, como GNPS (Global Natural Products Social Molecular Networking), pueden ser útiles para la comparación de espectros de masas en el contexto de la identificación de compuestos.

Términos de búsqueda:
- MS/MS spectrum comparison algorithms
- Mass spectrometry data analysis for protein identification
- Spectral similarity algorithms in proteomics
- Mass spectrometry data mining for proteomics

Recursos adicionales:
- Busca papers en bases de datos académicas como PubMed, IEEE Xplore, o Google Scholar utilizando los términos mencionados.
- Explora revistas especializadas en bioinformática y proteómica.

Espero que estos puntos te orienten en tu búsqueda y te ayuden a avanzar en tu investigación. ¡Mucho éxito con tu tesis en Ingeniería de Sistemas en el campo de la bioinformática!