Un pop up no es más que un .swf llamado desde una pelicula principal otorgandole un número de nivel. Flash puede construir por capas. El swf principal esta por defecto en nivel "0", si quieres un pop up sobre esa película, haz un swf del tamaño que quieras (caja) designale un nombre y el nivel deseado.
Si quieres que el popup se ubique en algún lugar específico indica las coordenadas, si no lo sabes hacer, duplica el original, cambiale nombre, algo así como "popup1", construye la ventana o popup en el lugar deseado y luego borras todos los archivos que no pertenezcan al popup. No te preocupes por el color del fondo, ya que al trabajar con niveles el fondo es transparente, asumiendo el fondo de la película principal.
