Tal vez sea una diferencia entre las distintas ediciones, pero yo llevo trabajando con VC# Express 2008 desde que sacaron la beta2 por allá en noviembre, y el asistente de migración SIEMPRE me pasa los proyectos de .Net 2.0 a 3.5. Si quiero mantenerme en 2.0, he de cambiar el "Target framework" en las propiedades del proyecto, y eliminar las referencias a los nuevos ensamblados del .Net 3.5 (esto es más secundario, ya que el IDE automáticamente deshabilita las referencias a ensamblados posteriores al .Net sobre el que estés montando tu proyecto).
Además, si decides volver a 2.0 después de haber agregado algún elemento nuevo desde el IDE, tendrás que echar un vistazo, ya que las "plantillas" que usa la versión 2008 a menudo te ponen sentencias "using" (o "Imports" en VB) para los espacios de nombres del LINQ: al volver a 2.0 y deshabilitar las referencias propias del 3.5 (como el System.Core.dll), estos espacios de nombres no pueden resolverse y el compilador te los escupirá a la cara (es decir, te dará un error y se negará a compilarte el código hasta que quites estas instrucciones).
En fin; entre estas migraciones y que trabajo mucho con Mono (una implementación multi-plataforma del .Net), he tenido más de una migraña por culpa de "actualizar" a 2008. Por supuesto, también tiene sus ventajas; y una vez tienes controlado qué te va a hacer el IDE con los proyectos viejos, las ventajas pesan bastante más que estas pequeñas sorpresas... si te lo tomas con humor, le dan un poco más de emoción al monótono proceso de desarrollar ciertos proyectos :P
