Que te muestra el output... ?
genexus la mayoria de las veces te dice el error especifico...
La reorganizacion de tablas, surge cuando genexus tiene que hacer cambios en las tablas de las bases de datos
debido a que ha cambiado la realidad representada por las transacciones...
Este error seguramente te dio por varias cosas, llaves primarias, foraneas, etc....
Si no puedes con el error, verifica que transaccion cambiaste, dale clic derecho y ve a History... es un historial y selecciona una version donde era estable, posteriormente, has un rebuild all.
Saludos !