HTML - href se mueve sin control

Saludos, tengo varias paginas que me funcionaban perfectamente hasta que agregue un include a un script php de un menu desplegable y que este asu vez llama funciones javascript , lo que sucede ahora con todas las paginas es que todo lo que tenga href se mueve hacia arriba o hacia abajo, algunos los he controlado con solo valign="top" pero otros siguen moviendose lo que quero es evitar que se muevan lo href, espero alguiensepa decirme a que se debe esto.