Windows 98 no puede leer los archivos almacenados en una partición que use NTFS. Además, a diferencia de NTFS, FAT32 le permite arrancar desde un disquete de DOS y desempeñar tareas de recuperación de emergencia en el disco duro.
Por otra parte, NTFS tiene algunas ventajas --entre ellas el cifrado de datos y la recuperación-- sobre los sistemas de archivo FAT y FAT32 que usa Windows 9x. Y si tiene un disco duro mayor de 32GB, NTFS le permite usarlo como una sola partición, mientras que FAT32 no.
Tambien entra a esa página para ver las características completas---
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;ES;154997
Saludos!