Hardware - Problemas puerto serie y usb

Buenas.
He migrado un programa que se comunicaba con un equipo externo a través del puerto SERIE. El programa estaba hecho en DOS (usaba interrupciones) y la migración ha sido a Win32 (usando el API de Win32). El caso es que el programa funciona perfectamente en Windows XP, pero no funciona en Windows 2000, se supone que no hay que configurar nada de nada, eso lo hacen los drivers que tengan installados... pero lo más raro de todo es que el programa funciona en XP hasta que pongo, por ejemplo, un pen drive en el puerto USB, momento en el cual recibo bien pero se envía mal. Alguien me dijo que a lo mejor no es un problema del SO, sino más bien de los portátiles usados ya que los portátiles antiguos daban más señal que los de ahora, pero me parece raro ¿alguien podría darme una respuesta?
Gracias y perdón por el rollo.

HOLA.

EL PROBLEMA PARECE SER DE LOS DRIVERS UTILIZADOS PARA LA MANIPULACION DEL PEN DRIVE, PRUEBA OTRO DISPOSITIVO POR ESOS MISMOS PUERTO, SI TRABAJAN OK, ENTONCES O ES EN PEN DRIVE CON DIFICULTAD O SON LOS MANIPULADORES DEL SO PARA ESAS FUNCIONES.

ACTUALIZA LOS DRIVERS DE LOS PUERTOS.

SALUDOS.

OSVALDO.

Los drivers están perfectamente, el API de WIn32 está más que testeado.
El tema es que no pasa en un portátil, sino en CUALQUIERA que se use y con cualquier dispositivo que se enchufa en cualquier puerto USB. Lo que se pone en el puerto USB funciona perfectamente. Lo que deja de funcionar es el programa por el puerto COM. Me imagino que COM deja de funcionar por algún tema de atención a las interrupciones de comunicaciones y se vuelve más lento o pierde potencia de salida, lo que realmente quería saber es si alguien conoce que los portátiles nuevos dan menos señal por los puertos serie y como han solucionado problemas de este tipo...