JavaScript - Sobreponer ventana

Tengo una duda y no se si es posible que se pueda hacer....

Mediante JS hago que despues de cierto tiempo se muestre una ventana nueva, si estoy dentro de la página, la ventana se muestra sobre lo que estoy viendo.

El problema es el siguiente:
Existe alguna forma de que esa ventana me apareza y sea visible independientemente de lo que este haciendo en la computadora, por ejemplo que yo este viendo mis documentos y cuando llegue el tiempo me aparezca?

Esa ventana, según entiendo te aparece dentro del navegador, verdad? Siempre y cuando el navegador este abierto, mostrara dicha ventana, aunque el navegador este minimizado.

Creo que no te entendí bien... puedes comentar con mas detalle?

Si, la pagina debe estar abierta.

1° Si estoy dentro de la pagina se abre la ventana.sobre lo que estoy haciendo.

2° Lo que quiero es que al tener la página abierta y yo estar por ejemplo revisando un archivo por ejemplo de word, cuando se llegué la hora que yo establezca, se me muestre la ventana automáticamente sin necesidad de que yo la abra.
Nota: La ventana si se crea pero queda minimizada, se tendría que maximizar sola