Hola
No sé a qué te refieres exactamente con eso de dos menúes distintos. En la ayuda de matlab puedes encontrar información acerca de eso, está en el apartado llamado wavelet. Prueba a mirar ahí las demos, el código viene en la carpeta de toolbox de matlab.
Yo lo que intento es hacer un menú también, y que una de las opciones sea abrir un directorio raiz para elegir el archivo con el que quiero trabajar, es decir, escoger un archivo de una carpeta, como la opción de abrir de cualquier programa, y en la ayuda esta que te comento viene esa misma opción, pero claro, al cambiar el programa me da unos fallos que estoy intentando averiguar. Ah!, y en la duda anterior anterior me refería a un marco, para poner en él distintos elementos: axes, pushbuttons y text, pero me he dado cuenta de que es el axe lo que no se ve, el pushbutton sí, y no tengo ni idea de por qué.
Bueno, espero que te sirva de algo la información. Saludos, y si quieres algo ahí tienes mi correo, aunque soy principiante con GUIDE