Ésta es la página de dónde saqué casi toda la información.
http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/techdoc/index.html?/access/helpdesk/help/techdoc/matlab_prog/f9-38055.html&http://www.google.es/search?hl=es&rlz=1T4GGIH_esES237ES237&q=timer+matlab&meta=
t = timer('timerfcn', 'disp(''HI FOLK!!'')', 'startdelay', 4);
start(t);
delete(t);
Éste es un ejemplo muy sencillo que he sacado de la misma página. Muestra el mensaje ' HI FOLK!! ' transcurridos 4 segundos.
La función timer crea un objeto llamado del mismo modo, con sus propiedades y valores por defecto. Aunque éste ejemplo sólo muestra un mensaje, la propiedad timerfcn es la que te permite indicar qué archivo .m quieres ejecutar y startdelay, el tiempo que quieres que transcurra desde que comience el timer hasta la ejecución del archivo.
Repito que éste es un ejemplo muy sencillo, con timer puedes hacer muchas cositas: que una función se ejecute pasado un tiempo, o en una fecha concreta, ejecutar varias funciones con un periodo de tiempo determinado entre ellas...
Es una información muy general, pero espero que os sirva.