MySQL - Aumentar tiempo de transaccion

Hola a todos, me gustaría saber como se puede aumentar el tiempo de transacción en mysql. El problema que tengo es que estoy lanzando consultas/actualizaciones masivas sobre la bbdd y a los 5 minutos se desconecta, en concreto el error que me da es: Transaction is not active: tx=TransactionImple < ac, BasicAction: a480337:db1b:4a013631:44 status: ActionStatus.ABORTED >; - nested throwable: (javax.resource.ResourceException: Transaction is not active: tx=TransactionImple < ac, BasicAction: a480337:db1b:4a013631:44 status: ActionStatus.ABORTED >)

Por que no trata mas bien de aumentar el transactionTimeOut en el servidor? eso se puede hacer en un archivo service del servidor con que esté trabajando.