Desde que se inició el proyecto ha habido muchas versiones (releases), de las cuales sólo se conservan la 3, 4 y la actual 5.x.
Como es un OpenSource, el software ha estado y está en uso en muchas releases, y no existe un seguimiento activo por parte de MySQL sobre qué versió o quienes lo tienen. En ese sentido lo único claro es:
- Las versiones 3.x y 4.x son completamente obsoletas.
- La versión 5.0.x ya terminó su ciclo de vida como proyecto y no se harán nuevas releases posteriores a la 5.0.90.
- La versión actual es la 5.1.x, es la que está soportada.
- La versión 6.0 fue un alpha release que dio lugar a la 5.1.2, por lo que no se la considera como GA y está virtualmente discontinuada desde mayo de 2009.
Toda esta información la puedes recabar de la página oficial: http://downloads.mysql.com