MySQL - Microsoft Internet Information Server

Buenas Tardes, me veo en la obligacion de pedirle un favor, tengo caido un sistema q' esta alojado en mi servidor con windows 2000 server, no me habre el sitio y mas encima no me deja entrar en la configuracion de Windows internet Information Sever, me marca un error, luego lo otro q' creo es q' mysql el q' me esta haciendo problemas tambien ya q' me marca en errores q' tengo q' verlos en el visor de sucesos, me dirije a este y ahi me arroja algo q' Mysql no puede arrancar y q' tengo error en el archivo CHKDSK o algo asi, alguien me puede ayudar, un amigo me propuso desintalar Mysql y realizar un Backup de la Bd, y q' luego vuelva a instalar Musql, estara bien ?