echo "<table border='1'>";
for ($i = 0;$i<count($var1);$i++) {
if ($i ==0) {// Si es la primera fila se muestra una linea sólo con $var1[0] y otra con $var2[0]
echo "<tr><td>".$var1[0]."</td><td></td></tr>";// Primera linea
echo "<tr><td></td><td>".$var2[0]."</td></tr>";// Segunda linea
} else { // Si no es la primera linea se mira si el contenido de $var1 es diferente que el anterior
if ( $var1[$i] != $var1[$i -1] ) {// si es diferente se procede como antes (dos lineas)
echo "<tr><td>".$var1[$i]."</td><td></td></tr>";// Primera linea
echo "<tr><td></td><td>".$var2[$i]."</td></tr>";// Segunda linea
} else {// si son iguales sólo se muestra $var2
echo "<tr><td></td><td>".$var2[$i]."</td></tr>";// Sólo se muestra $var2
}
}
}
echo "</table>";