PHP - Estructurar el código

Hola, soy un novato en esto del PHP, aunque he manejado otros lenguajes como JSP, y tras leer el manual oficial y algunos tutoriales me quedan algunas dudas y preguntas:

- Existe algún editor especializado para PHP o alguna forma de compilar los ficheros antes de ejecutarlos?

- Como se estructuran las aplicaciones PHP? Lo único que he sacado en claro es que las clases deben llevar la extensión .inc, y que se importan con include, pero creo que debería haber algún método mejor, o algún estructurado algo más detallado, aunque no haya encontrado nada.

Gracias.