Pues, lo que dice Hernan tiene mucho sentido, toda vez que tú no puedes hacerte responsable de la licencia de SQL Server. Eso debe estar a cargo del cliente, a menos que ofrezcas tu aplicación con la licencia de SQL Server y aún así, el instalador debe estar separado, por una simple razón: El Servidor se instala una sóla vez, mientras que el cliente se instala en cada computadora licenciada para su uso.
Ahora, en lo que difiero con Hernan es en el script. Es preferible distribuir el backup de la base de datos en su estado original, es decir, con las tablas, las relaciones vistas, sp, funciones, tipos de datos personalizados y catálogos iniciales (paises, estados/provicias, tipos de documento y un largo etcétera) que se cargue una vez instalado el servidor de base de datos.
Esto asegura que la base de datos sea consistente con lo programado, además de que se evitan problemas de conexión o bloqueos repentinos que puedan dejar inutilizable la base de datos, para tener que tirar la base de datos y volverla a hacer, ademas de que se evita el uso innecesario de tiempo en su instalación, sin dejar de mencionar que es demasiado trabajo hacer dicho script, con respecto a los beneficios del mismo.
Saludos.