PDF de programación - Desarrollo de bases de desarrollo de bases de datos para investigación datos para investigación biomédica

DESARROLLO DE BASES DE
DESARROLLO DE BASES DE
DATOS PARA INVESTIGACIÓÓN N
DATOS PARA INVESTIGACI
BIOMBIOMÉÉDICADICA

Curso “Bases metodológicas de la
investigación Biomédica”. Edición 19ª.
Año 2010

-Sesión impartida en el pabellón de la Facultad de Medicina de la UCM del Hospital 12 de Octubre de Madrid

-http://www.epidemiologiaclinica.es

-Email contacto: [email protected]

Julián Manuel Añover López
Unidad de Investigación Epidemiología Clínica

1. Aplicaciones informáticas aplicadas a la
investigación clínica
2. Los sistemas de gestión de bases de datos
(SGBD). BASES DE DATOS RELACIONALES
3. Access: Características generales y
realización de una BD simple con Access

Julián Manuel Añover López
Unidad de Investigación Epidemiología Clínica
Hospital Universitario 12 de Octubre.

1. Aplicaciones informáticas aplicadas a investigación
clínica

Las principales herramientas informáticas que se pueden
utilizar para el tratamiento de los datos en investigación se
pueden clasificar en tres grupos:

- Hojas de Cálculo: Excel, Lotus
- Programas estadísticos: SAS, EpiInfo, SPSS, STATA, Splus, Minitab,etc.
- Sistemas de Gestión de Bases de datos (SGBD): Access, Dbase, File
Maker, MySQL, SQL Server, Oracle, etc.

n y relacióón de datos que las hojas de c

una mayor capacidad para la
•Los gestores de bases de datos tienen una mayor capacidad para la
manipulacióón y relaci
manipulaci
mejor acceso a los mismos y llevar a cabo consultas más complejas. También
se pueden realizar cálculos sobre los datos a través de un SGBD como
Access a través de su herramienta de consultas.

n de datos que las hojas de cáálculo

lculo, permiten un

Los programas estadíísticos se aplican sobre los datos de las TABLAS o
sticos se aplican sobre los datos de las TABLAS o
••Los programas estad
CONSULTAS de las bases de datos durante el proceso de análisis de la
CONSULTAS de las bases de datos
información.

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Hojas de cálculo (Excel)

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Hospital Universitario 12 de Octubre.

EpiInfo 3.5
CentersforDiseaseControl andPrevention(U.S.
Department of Health & Human Services)
Para todas las versiones Windows hasta Vista

Freeware http://www.cdc.gov/epiinfo/epiinfo.htm
Stata 11
http://www.stata.com
Cursos Unidad Epidemiología Clínica
Licencia CIBER Epidemiología y Salud Pública
SAS
http://www.sas.com
Licencia corporativa Consejería de Sanidad de la CAM

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SGBD. Sistemas de Gestión de Bases de datos.

Conjunto de herramientas que nos permiten realizar operaciones sobre nuestros datos: añadir,
modificar, eliminar y/o consultar datos

Access es el SGBD incluido en paquete ofimático Office de Microsoft
-Licencia corporativa de la Consejería de Sanidad de la CAM

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Criterios a tener en cuenta en la elección
de un SGBD

• Complejidad y variedad de actividades a realizar
• Volumen de datos recogidos
• Número de investigadores que la utilizarán
• Posible acceso simultáneo de acceso a los datos por
parte de los investigadores
• Posibilidad de compartir datos con colaboradores en
otros centros.
•Debe tener un carácter prioritario la capacidad de
importar y exportar datos

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Un inciso, antes de continuar……..
Un inciso, antes de continuar

- Documentación en sesion2 del sitio web del curso

Confidencialidad,
protección de datos
personales

Es preceptiva la confidencialidad de los datos
personales de los pacientes procedentes de bases de
datos clínicas, depósitos biológicos, genética, etc.

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Confidencialidad, proteccióón de datos personales (I)
n de datos personales (I)
Confidencialidad, protecci

Agencia de
• Ficheros que contengan datos personales de pacientes deben ser dados de alta en la Agencia de
Proteccióón de Datos
Protecci
https://www.agpd.es/.

n de Datos. La Agencia informa sobre el procedimiento a seguir en

• En la Ley Ley Organica

Organica de Protecci

de Proteccióón de Datos (LOPD)
n de Datos (LOPD)

En la Ley se establecen los principios generales en los que se basa dicha protección, los derechos y
deberes de los usuarios de los datos y de las personas o entidades contenidas en los mismos, la
clasificación de los ficheros de datos y la constitución de la Agencia de Protección de Datos como
entidad reguladora. La LOPD se aplica cuando hay una serie de datos organizados sobre personas y
afecta tanto a ficheros de papel como automatizados, excluyéndose ficheros de personas físicas
con fines domésticos.

• También hay que tomar en consideración el Reglamento de Medidas de Seguridad de
los Ficheros Automatizados que contengan datos de carácter personal

•"Los ficheros que contengan datos de ideología, religión, creencias, origen racial, salud o vida
sexual así como los que contengan datos recabados para fines policiales sin consentimiento de las
personas afectadas deberán reunir, además de las medidas de nivel básico y medio, las calificadas
como de nivel alto“ Esto significa que tendrían que aplicarse las medidas de seguridad que se
describen en el capitulo IV de este Reglamento que se refieren a las telecomunicaciones, accesos,
cifrado y copia de seguridad

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Confidencialidad, proteccióón de datos personales (II)
n de datos personales (II)
Confidencialidad, protecci

• Por último, la Ley de Investigación Biomédica

En vigor desde julio de 2007 Hay muchos los artículos que afectan a las bases de datos. Caben
destacar los articulos 50, 51 y 52 sobre el acceso a datos genéticos por personal sanitario, la
confidencialidad y derecho a la protección de datos genéticos y sobre la conservación de los datos

En concreto el apartado 50.2.señala: "Los datos genéticos de carácter personal sólo podrán ser
utilizados con fines epidemiológicos, de salud pública, de investigación o de docencia cuando el
sujeto interesado haya prestado expresamente su consentimiento, o cuando dichos datos hayan sido
previamente anonimizados". Y el 52.3: " Fuera de estos supuestos, los datos únicamente podrán
conservarse, con fines de investigación, de forma anonimizada, sin que sea posible la identificación
del sujeto fuente"

Esta Ley entiende por anonimización: (art. 3 c) " «Anonimización»: proceso por el cual deja de ser
posible establecer por medios razonables el nexo entre un dato y el sujeto al que se refiere. Es
aplicable también a la muestra biológica"
y por dato anonimizado: (art. 3. i): " «Dato anonimizado o irreversiblemente disociado»: dato que no
puede asociarse a una persona identificada o identificable por haberse destruido el nexo con toda
información que identifique al sujeto, o porque dicha asociación exige un esfuerzo no razonable,
entendiendo por tal el empleo de una cantidad de tiempo, gastos y trabajo desproporcionados"

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2. Los sistemas de gestión de bases de
datos (SGBD)

Los SGBD nos permiten generar Sistemas de
Información: “conjunto de datos organizados listos y preparados para su posterior
uso, generados por una necesidad” - ¿Nuestra necesidad?: Por ejemplo, un proyecto de
investigación. - Wikipedia
• Para construirlos hemos seguir una serie de pasos que se
irán explicando en esta sesión:

•1. Diseño de la base de datos: DICCIONARIO DE DATOS
•2. Creación de la base de datos
•3. Entrada de los datos
•4. Consulta de la información
•5. Explotación de los resultados obtenidos

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¿Qué es una base de datos?

Colección organizada de datos

relacionados entre sí para representar

algún aspecto del mundo real

Por ejemplo: Una base de datos que represente a un conjunto de pacientes que han
sufrido un Traumatismo Craneal Grave

Pacientes

Urgencias/UVI

DATOS

Los datos se procesan, organizan y se relacionan
entre sí a través de una base de datos

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¿Qué es una base de datos?

Una base de datos

es un conjunto de datos

relacionados y organizados
a través de una o más tablas

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¿Qué son las tablas?

Las tablas son las unidades
básicas de almacenamiento

de los datos

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Normalmente, los datos se organizan
en una o varias tablas en las que se
distribuyen en filas y columnas:

Cada columna de una tabla es
una variable o campo

Cada fila es un registro

Campos o variables

N

Sexo

Fecha

Tipotras

Tipoac

1

2

3

1

1

2

04/05/2004

03/01/2004

01/02/12005

1

2

1

1

2

4

Registros

Cada registro es un paciente: La tabla representa a un conjunto de pacientes a través de
un conjunto de registros
• Cada variable o campo: Es un dato que se ha recogido para cada paciente
Ejemplo: Las variables edad, fiebre, fecha, imc, etc...
•• Ejemplo:

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Bases de datos relacionales

•Una base de datos relacional es aquélla que permite que diferentes tablas de
datos estén relacionadas a través de un campo o variable común

• El uso de las relaciones es útil cuando varios registros de una tabla están
vinculados con otros registros de una o varias tablas: comparten información

•La utilización de bases de datos relacionales evita la
duplicación de registros.

Tabla ““PACIENTES

PACIENTES”” y tabla

••Ejemplo:
Ejemplo: Tabla
VISITAS””. Cada
. C