AJAX - Prácticas de programacion

Hola!
Mi duda pasada no pudo ser resuelta... le busqué de mil formas y aun así no quedó... lástima... ahora no les voy a poner algo tan complicado, más bien es una dudilla existencial basada en prácticas de programación.

Cuando comencé a leer de ajax, los ejemplos trabajaban con un "archivo servidor" escrito en php que recibia las peticiones de los demás, ejecuta sus peticiones y les envia la respuesta. De esta manera, los demás archivos (normalmente javascript) realizaban la petición al "archivo servidor" con un grupo de parámetros que ellos armaban y esperaban la respuesta, aplicado principalmente a consultas a bases de datos, de esta manera la conexion se realizaba unicamente en el "servidor".

Por otro lado, me he topado ultimamente con programación en que cada página php crea por su cuenta una conexión a la BD y ejecuta sus consultas conforme lo requiere. De esta manera, no existe un "archivo servidor", si no que cada archivo se "auto-atiende"...

Mi pregunta es: ¿Cual es mejor práctica de programación?, ¿Cuál brinda mayor seguridad y soporte?

Recurro a ustedes los expertos, espero que me puedan asesorar.

Te recomiendo leer esta url, esta digerido el asunto y los ejemplos completos los puedes bajar del sitio.

La logica es la misma no importa en que programes.

Necesitas crear el ayax engine, a mano o con framework ya hecho y la implementacion no es nada del otro mundo.

Pero mejor lee esto http://ayaxconpuntonet.blogspot.com/