Bases de Datos - BD en Servidor de Archivos.

Ante todo, mi saludo, y espero me puedan ayudar...
Tengo diversas aplicaciones que trabajan con archivos de BD de diversos tipos (*.dbf, *.mdb) que son manejadas desde aplicaciones desarrolladas en clipper y en vb. Hasta ahora se viene creando una carpeta por cada aplicacion nueva, a mi parecer se ve un poco desordenado.
Como podria organizar mi servidor de archivos sabiendo que existen aplicaciones para diversas areas (contabilidad, finanzas, administracion, almacen) y comparten informacion entre dichas areas.