Bases de Datos - [Consulta]Eliminar fisicamente registros en MySQL

Necesito saber como eliminar fisicamente registros en una base de datos Mysql ya que al ejecutar una sentencia delete estos se borran logicamente pero no fisicamente.
mi problema es el siguiente.
Tengo una tabla muy grande con registros(la mayoría) que no utilizo,
al ejecutar un DELETE sobre esos registros noto que estos se borran pero el tamaño de la base de datos (en el disco duro)
no se reduce, y además las consultas que hago sobre esa tabla siguen demasiado lentas y da la impreson de que esos registros siguen estando en la tabla aunque no los tiene en cuenta.

Necesitaría saber el nombre de algún comando o herramienta para compactar una tabla o poder ver todos los registros físicos de esta.
Estoy usando la versión 4.1 de MySQL y el tipo de tabla es InnoDB

Intenta con esto:

optimize table `nombre_bd`.`nombre_tabla`