Sinceramente me ha tocado trabajar menos con MySQL que con SQL Server, pero pros y contras tienen ambas.
Esto de la licencia 'libre' también lo puedes aplicar con Microsoft, si desarrollas en MSDE, aunque esta opción tiene una enorme limitante: tu base de datos no puede crecer más allá de 2Gb, mientras que en el caso de MySql es de 4Gb. Y debo aclarar algo: Los archivos de MySql crecen más rápido que los de MSDE (SQL Serever).
Ahora, esto debe ser una preocupación? Quizás. Si lo tuyo es crear un ERP multiempresa, cntrolando todo aspecto administrativo, de procesos y producción, si sería una limitante a 3 o 5 años. Si no quieres preocuparte, SQL Server tiene un tamaño máximo, para mdf de 16 terabytes y para el log de 2 terabytes.
Si lo tuyo es, como dice el post anterior, liberarte del monopolio de microsoft, entonces no trabajes con .net y acércate a java.
Sin embargo, una de las razones por las cuales tendrías que pensar más seriamente en la selección de la base de datos para desarrollar, es su desempeño y mantenimiento, tanto de la base de datos, como del código.
En cuanto a desempeño, creo que aquí si lleva ventaja MySql, dado que utiliza menos memoria y la libera más fácilmente, con lo que tu servidor debería funcionar sin problemas, sin embargo, el mantenimiento es donde supera SQL Server (MSDE) a MySql. Un caso particular es el del SQL Dinámico (Dynamic SQL). En ambos casos se pueden crear comandos dinámicos, sin embargo, en SQL Server cumple con cada una de las reglas de perfil y acceso a recursos, definido para cada usuario, mientras que en MySql los permisos de uso son globales, con lo que el famoso 'injection' es mucho más fácil del lado de MySql.
Nos podríamos seguir, pero creo que esto te dará alguna pauta para tu elección. Cualquiera que esta sea, espero que sea la que mejor se acomode a tus necesidades, más allá de nuestras opiniones.
Saludos.
