¿Te refieres a ejecutar otro programa desde el tuyo?
Hay varias formas. La primera es utilizar el API de Windows. La función es CreateProcess. Es la más versatil en el sentido de que tienes mucho control sobre la forma de crear el nuevo ejecutable, pudiendo establecer todas las propiedades disponibles en Windows. Pero, como hay tantas, es bastante infierno.
Otra opción es usar una de las funciones de la colección de funciones exec de la librería de C.
Y la última, y más sencilla, utilizar la función system(<fichero>).
Mira en la ayuda para más información.
