C/Visual C - error al comparar cadenas de caracteres

Holaaa, acudo a vosotros porque otras veces me habeis sido de utilidad, tengo un problema al comparar cadenas de caracteres. Haber yo hago:

#define LONG_LINEA 1000

char linea[LONG_LINEA];

fgets(linea, LONG_LINEA, stdin);
aux=strcmp(linea,"Prueba");
if (aux!=0)
hace una cosa
else
hace otra

El problema es que al leer de la entrada estandar no se la longitud previamente de la cadena, por lo que le pongo un tamaño grande por defecto, para que lea todos los caracteres pero al compararlo con Prueba el strcmp siempre devuelve 1, Suponiendo que lee de la entrada estandar "Prueba" porque cuando yo lo comparo con la cadena que en teoría es igual, no devuelve 0. Si alguien me puede dar una pista le estaré muy agradecido, Muchas gracias

Comentarios:

Se debe a que la declaras como char[1000]
es decir estas comparando una char de 1000 caracteres aunque
le pongas igual a "Prueba" en realidad pone "Prueba + espacios" hasta
llenar los 1000 caracteres. Lo mejor es que declares a linea como cadena
y listo.

Saludos

La doc de fgets() dice bien clarito que el carácter newline se transfiere a tu cadena, así que tu "Prueba" que lees de stdin, lleva al final un carácter newline.