Hola pues
es una decision muy dificil puesto que
depende de que tipo(plataforma) de aplicaciones
quieres desarrollar por ejemplo en mi caso
trabajo como programador de aplicaciones Windows
y uso c# para mi es muy util puesto que puedo desarrollar
tambien paginas asp.net, animaciones tipo flash (silverlight),
trabajo con hojas excell, etc.
Como puedes ver te recomiendo C#, la siguiente version
C# 3.5 viene con nuevas funcionalidades lo que lo hace
cada vez mas parecido a Java e incluye algunas ventajas sobre
el mismo.
Espero que alguien escriba recomendando Java
Si te decides por C#, te puedo recomendar bastante informacion,
libros, tutoriales, ambiente de desarrollo, etc.
Saludos...