C/Visual C - Manipular un archivo INI

tengo un problema con un archivo INI, tengo que modificar un archivo INI, y eliminar una cierta cantidad de claves del archivo, por tanto el archivo debe disminuir de tamaño, el problema es que luego de eliminar los datos, es decir mover el resto de los datos del archivo, al final del mismo me quedan bytes basura, como hago para cerrar el archivo luego de hacer la modificaciones, es decir como grabo el caracter de fin de archivo. Si alguíen sabe cual es el ascii o los ascii que indican fin de archivo se los voy a agradecer.

Desde ya muchas gracias.

El caracter de fin de archivo en DOS es el Ctrl-Z (alt + 026).

He probado insertando el caracter 26 al final del archivo, luego de realilar las modificaciones, pero no funciona.
Lo que necesitaría es algo que me trunque el archivo eliminando los bytes finales que no necesito.

Tienes que hacerlo en MS-DOS?
Vamos, lo digo porque si es en Windows hay una función en el API que lo hace solo... si he entendido lo que preguntas.
Hecha un vistazo a la documentación de WritePrivateProfileString en la ayuda sobre el API de Windows de tu compilador

Suerte!