C/Visual C - matriz en pares

Como se puede llenar una matriz de 6 * 6 con numero del 1 al 18 y que queden en orden alateorio

Pues igual que la rellenarías toda con 1's, pero en la asignación, en vez de poner a[i][j] = 1; pones a[i][j] = random(18) + 1;. Es decir, para generar los numeros aleatorios usas random() o rand().

Un saludo.

No.
Creo que el se refiere a que los numeros queden en posiciones aleatorias de la matriz, pero siempre del 1 al 18.
En ese caso debe utilizar random para calcular la posicion de la matriz.
Esta, al inicio debe tener valore invalidos para que antes de asignar, primero vea que no ha asignado algo en esa posicion.
algo así como :
int val = 1; i, j;
for (i = 0; i < MAX_I; i++) {
for (j = 0; j < MAx_J; j++)
matriz[i][j] = -1;
}
while (val < 19) {
i = random(MAX_I) + 1;
j = random(MAX_J) + 1;
if (matriz[i][j] == -1)
matriz[i][j] = val++;
}

SUERTE...