Primero:
debes comenzar un programa para windows (con la funcion WinMain) pero sin el loop de mensajes del sistema operativo.
no debes registrar la ventana pricipal de la aplicacion.
en otra palabra, programar como si se tratara de la funcion main() de Turbo C/C++.
Esto podria, eso si, tomarse el procesador, por lo que es aconsejable que durante la ejecución del programa utilices la instruccion Sleep(N); para que el progama duerma N milisegundos.
Suerte...